April 25, 2024, 07:46:49 PM
Forum Rules: Read This Before Posting


Topic: Gaussian 03 (GaussView 3.09) - geometry optimization  (Read 6818 times)

0 Members and 1 Guest are viewing this topic.

Offline sayo

  • Very New Member
  • *
  • Posts: 2
  • Mole Snacks: +0/-0
Gaussian 03 (GaussView 3.09) - geometry optimization
« on: July 04, 2010, 08:52:51 AM »
Hello :)

I am trying to optimize geometry of thianthren

As I create molecule, I do it on one plane, then I run optimization, and there it is .. my problem:
no matter what optimization method I choose, the result is still in one plane only, and it should not be, cause it should bend on sulfur atoms, and benzenes should be at an angle of about 130 degrees.

One thing that those optimizations did was correcting bond lenghts.

Could anyony help me with correct optimization? I cannot start other simulation without optimized molecule :/.
I will be very gratful for any help. Thank you.

----------------------------------------------------------------------------------------
Here is one of many input filse I tried and in attachment is printscreen from gaussview:

%chk=test_tiantren_opt_hf_631g_pp_d_check.chk
%mem=50MW
%nproc=1
# opt hf/6-31++g(d) geom=connectivity

tiantren_opt_hf_631g_pp_d

0 1
 C
 C                  1              B1
 C                  2              B2    1              A1
 C                  3              B3    2              A2    1              D1
 C                  4              B4    3              A3    2              D2
 C                  1              B5    2              A4    3              D3
 H                  1              B6    6              A5    5              D4
 H                  2              B7    1              A6    6              D5
 H                  5              B8    4              A7    3              D6
 H                  6              B9    1              A8    2              D7
 C                  4             B10    3              A9    2              D8
 C                 11             B11    4             A10    3              D9
 C                 11             B12    4             A11    3             D10
 C                 12             B13   11             A12    4             D11
 C                 13             B14   11             A13    4             D12
 H                 13             B15   11             A14    4             D13
 C                 14             B16   12             A15   11             D14
 H                 14             B17   12             A16   11             D15
 H                 15             B18   13             A17   11             D16
 H                 17             B19   14             A18   12             D17
 S                  4             B20    3             A19    2             D18
 S                 12             B21   11             A20    4             D19

   B1             1.39516000
   B2             1.39471206
   B3             1.39542701
   B4             1.39482508
   B5             1.39482907
   B6             1.09961031
   B7             1.09965530
   B8             1.09976099
   B9             1.09960403
   B10            2.44784088
   B11            1.39482907
   B12            1.39513795
   B13            1.39516000
   B14            1.39482508
   B15            1.09976099
   B16            1.39471206
   B17            1.09965530
   B18            1.09968011
   B19            1.09968019
   B20            1.31270489
   B21            1.31481595
   A1           120.00863221
   A2           119.99416459
   A3           119.99399231
   A4           119.99845680
   A5           120.00431986
   A6           119.98077039
   A7           120.01134336
   A8           120.00799702
   A9            90.57298593
   A10           89.42827372
   A11          150.57165130
   A12          119.99845680
   A13          120.00470467
   A14          119.98395077
   A15          120.00863221
   A16          119.98077039
   A17          120.02485852
   A18          120.01279489
   A19          127.57378507
   A20          122.00729813
   D1            -0.05684321
   D2             0.03411439
   D3             0.03234809
   D4          -179.97984142
   D5           179.95324796
   D6          -180.00000000
   D7           179.98917535
   D8          -180.00000000
   D9             0.02121751
   D10          179.91847073
   D11          179.95659137
   D12         -179.91897283
   D13            0.09364785
   D14            0.03234809
   D15          179.95324796
   D16         -179.95632569
   D17          179.96185208
   D18          179.93896158
   D19            0.03637054

 1 2 1.5 6 1.5 7 1.0
 2 3 1.5 8 1.0
 3 4 1.5 22 1.0
 4 5 1.5 21 1.0
 5 6 1.5 9 1.0
 6 10 1.0
 7
 8
 9
 10
 11 12 1.5 13 1.5 21 1.0
 12 14 1.5 22 1.0
 13 15 1.5 16 1.0
 14 17 1.5 18 1.0
 15 17 1.5 19 1.0
 16
 17 20 1.0
 18
 19
 20
 21
 22

----------------------------------------------------------------------------------------

Offline tamim83

  • Retired Staff
  • Full Member
  • *
  • Posts: 395
  • Mole Snacks: +67/-7
  • Gender: Female
  • Quantum Kitten
Re: Gaussian 03 (GaussView 3.09) - geometry optimization
« Reply #1 on: July 15, 2010, 08:29:23 AM »
You may need to start with a structure that is not planar. If the planar structure is also a minimum on the potential energy surface for the molecule, Gaussian will optimize the geometry to this structure. 

Offline sayo

  • Very New Member
  • *
  • Posts: 2
  • Mole Snacks: +0/-0
Re: Gaussian 03 (GaussView 3.09) - geometry optimization
« Reply #2 on: July 15, 2010, 03:27:10 PM »
thanks a lot, that helped :)

Offline tamim83

  • Retired Staff
  • Full Member
  • *
  • Posts: 395
  • Mole Snacks: +67/-7
  • Gender: Female
  • Quantum Kitten
Re: Gaussian 03 (GaussView 3.09) - geometry optimization
« Reply #3 on: July 15, 2010, 06:52:25 PM »
No problem  ;)

Offline JoshW

  • Very New Member
  • *
  • Posts: 2
  • Mole Snacks: +0/-0
Re: Gaussian 03 (GaussView 3.09) - geometry optimization
« Reply #4 on: September 08, 2010, 04:43:50 AM »
  ;D

Sponsored Links